A origem do povoamento de Sítio D’Abadia remonta ao ano de 1800, quando a viúva Laureana da Silva Barreto, vinda da Bahia, estabeleceu-se com seus escravos no lugar denominado Barreiro, onde passou a cuidar de lavouras e criação de gado. Após construir uma igreja de palha, onde hoje se ergue a matriz, fixaram-se no local os irmãos Joaquim e João Teixeira Mariz, da Vila de Icó-CE, a partir de 1825. Anos mais tarde, chegava o padre Leonardo de Freitas Costa, primeiro vigário da localidade. Nesse ano, as irmãs da fundadora doaram sua chácara a Nossa Senhora D’ Abadia, passando o local a denominar-se Sítio da Senhora D’ Abadia, primitivo nome do povoado, mais tarde apenas Sítio D’Abadia, cuja fundação data dessa época e onde crescia de ano para ano a romaria de São Sebastião.
Em 1830, diante do florescimento da povoação, D. Laureana fez a doação de nova área de mais de meia légua de terras à Igreja para a formação do patrimônio, consolidando-se o arraial em 1833, com a reconstrução da igreja em cuja frente levantou-se uma cruz de aroeira com data inscrita, assinalando a fundação do arraial de Sítio D’Abadia. Em 16 de julho de 1850, pela Lei Provincial nº 19, o arraial passou a município, com sede, entretanto, na Vila de Flores, distante 160 km. No período de 1850 a 1907, conforme registros em arquivo, Sítio D’Abadia teve sua sede transferida, alternadamente, para as Vilas de Forte e Flores, restaurando definitivamente a condição de VILA pela Lei nº 298, de 15 de julho de 1907, dando-se a instalação oficial, em sua própria sede, em 2 de novembro de 1907. Gentílico: sitiense
Elevado à categoria de vila com a denominação de Sítio da Abadia, pela lei provincial nº 19, de 06-07-1850. Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 2 distritos: Sítio da Abadia e Flores. Assim permanecendo em divisão administrativa referente ao ano de 1933. Em divisão territorial vigente em 1-VI-1950, o município é constituído de 3 distritos: Sítio d` Abadia, Damianópolis e Urutágua.
Pela lei estadual nº 2149, de 14-11-1958, desmembra do município de Sítio d’Abadia o distrito de Damianópolis. Elevado à categoria de município. Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Sítio d’Abadia e Urutágua. Pela lei estadual nº 4926, de 14-11-1963, desmembra do município de Sítio d’Abadia o distrito de Aratágua. Elevado à categoria de município com a denominação de Flores de Goiás. Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
